Yerküpe Mağarası, Muğla ilinin Yatağan ilçesi sınırlarındaki Yerküpe Yaylası'nda yer alan geçit konumlu yarı aktif bir mağaradır. Genç bir mağara olan Yerküpe Mağarası, 100 m uzunlukta tek bir galeriden oluşur. Genişliği 3–10 m yüksekliği ise 2–8 m'dir. Mağaranın giriş ve çıkış bacaları arasında 17 m.lik bir yükseklik farkı vardır.

Muğla valiliği ve Menteşe belediyesince yapılan çalışmalar, mağaranın aydınlatılmasına ve geçiş düzenlemelerine yöneliktir.

Mağaranın tabanından su birikintileri, çakıl ve kum, yan yüzeylerde ise sarkıt ve dikitler bulunmaktadır.