Moğolların sert ve acımasız tutumları karşısında özellikle batı Asyadaki kalabalık Türk boyları, güven içinde yaşayabilmek için Moğol istilası altındaki yurtlarından kaçarak Anadoludaki soydaşlarının yanına göç etti. Anadolu, bu tarihllerde Büyük Selçuklu ve Anadolu Selçukluları Devletleri yönetiminde esasen büyük ölçüde Türkleşmişti. Yeni gelenlerin de katılması ile Anadoludaki Türk nüfus büsbütün arttı. Moğol istilasının dolaylı etkisi, böylece Anadoluda hissedildi. Bu sırada Anadoluda II. Gıyaseddin Keyhüsrev yönetimindeki Anadolu Selçuklu devleti hüküm sürmekte idi. Fakat bu dönem Selçukluların zayıf dönemi idi ve çeşitli iç karışıklıklar vardı. Bunu gören İlhanlı Devleti kuvvetleri Kamutanı Baycu 1243 yılında Anadolu üzerine yürüdü. Sivasın yaklaşık 80 km doğusundaki Kösedağda yapılan savaşta Selçuklu ordusu kendisinden sayıca az olan Moğol ordusuna yenildi. Bu yenilği üzerine Anadolu Selçuklu devleti Moğolların istilası altına girdi.
Moğolların ikinci Anadolu istilası, 1277 yılında Mısır-Suriyede hüküm süren Türk Memluklu devleti hükümdarı Baybarsın, Selçuklu Sultanı Pervanenin daveti üzerine Anadoluya yürüyerek Moğolları Elbistan-Maraş ovasında ağır bir yenilgiye uğratması ile ortaya çıkmıştır. Fakat Moğolların misillemesinden korkan ve kendisini davet eden Pervane ve diğer devlet yöneticileri, Baybarsın Kayseriye gelmesi üzerine onunla iş birliği yapmayarak Tokata kaçmışlardır. Baybarsın Suriyeye dönmesinden sonra, Moğollar güçlü bir ordu ile tekrar Anadoluya gelerek Elbistan Savaşıında ölen Moğolların öcünü Türk halkından almış, Kayseriden Erzurumama kadar olan bölgede katliamlar yapmıştır. Bu katliamlarda 200 bin insanın öldürüldüğü sanılmaktadır. Dönemin tarihçilerine göre Türkmenler Moğolların kılıçlarına yem olmuşlardır. Tutsak alınarak götürülen 400 bin kadar Türkmen ise daha sonra selbest bırakılmıştır.
Moğolların ikinci Anadolu istilası, 1277 yılında Mısır-Suriyede hüküm süren Türk Memluklu devleti hükümdarı Baybarsın, Selçuklu Sultanı Pervanenin daveti üzerine Anadoluya yürüyerek Moğolları Elbistan-Maraş ovasında ağır bir yenilgiye uğratması ile ortaya çıkmıştır. Fakat Moğolların misillemesinden korkan ve kendisini davet eden Pervane ve diğer devlet yöneticileri, Baybarsın Kayseriye gelmesi üzerine onunla iş birliği yapmayarak Tokata kaçmışlardır. Baybarsın Suriyeye dönmesinden sonra, Moğollar güçlü bir ordu ile tekrar Anadoluya gelerek Elbistan Savaşıında ölen Moğolların öcünü Türk halkından almış, Kayseriden Erzurumama kadar olan bölgede katliamlar yapmıştır. Bu katliamlarda 200 bin insanın öldürüldüğü sanılmaktadır. Dönemin tarihçilerine göre Türkmenler Moğolların kılıçlarına yem olmuşlardır. Tutsak alınarak götürülen 400 bin kadar Türkmen ise daha sonra selbest bırakılmıştır.