Özbek halkının tarihinin ilk dönemlerine ait bilgi yoktur. Özbeklere bu ad, ilk olarak 1313-1340 yılları arasında hüküm süren Altınordu Hükümdarı Gıyaseddin Muhammed Özbek tarafından verildi. Timur Hanın ölümü üzerine zayıflayan Timur İmparatorluğu topraklarının Aral Gölü ve Seyhun Irmağının kuzeyindeki bölgede dağınık olarak yaşıyan Özbekler, Ebü l-Hayr ın idaresinde toplanarak, 1428 de onu kendilerine han ilan ettiler. Kısa zamanda kuvetlenerek çevredeki diğer boyları da hakimiyetleri altına aldılar.

CeyhunIrmağı kıyısındaki Sığnak, Arkuk, Suzak, Özkent gibi şehirleri ele geçirdiler ve bunlardan Sığnak ı başşehir yaptılar. Türkistan taraflarına düzenlenen seferlerde Kalmuklara mağlup olunca, bu durumdan istifade eden Kanay veCanibek adlı başbuğlar bazı Özbekleri de yanlarına alarak Çağatay Hanına sığındılar. Bölgeden ayrılan bu Özbeklere Kazak veya Kırgız kazakları adı verildi.

Ebü l-Hayr ın vefatından sonra Özbekler, Çağatay-Moğol hükümdarı Yunus Hana yenilerek dağıldılar. Ebü l-Hayr ın oğlu Şah Budak, Yunus Han tarafından öldürüldü. Dağılan Özbekler Şah Budak ın oğlu Muhammed Şeybek in (Şeybani) etrafında toplandılar. Bu tarihten itibaren Şeybaniler adıyla da anılan Özbekler 1500 yılındaTimuroğulları Devletindeki iç karışıklıktan istifade ederek Buhara yı zabtedip, Timur Hanedanına son verdiler. Harezm ve Hive yi ele geçiren Özbekler, Çağatay Hükümdarı Babür ü mağlup ettiler. Belh, Herat ve Taşkent i zapteden Özbekler, Orta Asya nın en güçlü devleti haline geldiler.

Özbekler bir ara Safevilere karşı yenildiler ve bazı bölgeler ellerinden çıktı ise de 1512 de buraları geri aldılar. Özbek hakimiyeti 16. yüzyıl boyunca Maveraünnehr de devam etti. 1598 de İkinci Abdullah Hanın vefat etmesinden altı ay sonra oğlu Abdülmü min de kendisine bağlı taraftarlarca öldürülünce, Özbekler ülkesinin hakimiyeti,Şeybanilere akraba olan Canoğullarına (Astırhan Hanları) geçti.

Özbekler on altıncı asır boyunca İran dakiŞii-Safevilerle devamlı olarak savaştılar. Ehl-i sünnet olanOsmanlılar ve Hindistan daki Babürlülerle iyi münasebetler kurmaya çalıştılar. 17 ve 18. yüzyılın ortalarına kadar Astırhanlar Hanlığının hakimiyeti altında kaldılar. 1740 ta Nadir Şah tarafından Astırhanlar Hanlığı yıkıldı.

Nadir Şahın vefatından sonra, hakimiyet Canoğullarının yerine Mangıthanlar Sülalesine geçti. Bu sülale hakimiyetlerini 1860 a kadar devam ettirdi. 1860 tan itibaren Türkistan içlerine doğru ilerleyen Rusların himayesinde yarı bağımsız olarak devam eden Buhara Hanlığının hakimiyetinde kalan Özbekler, Rusların çeşitli baskıları altında yaşadılar.

Bugün Özbekistan ın bulunduğu toprakların büyük bir kısmı 19. asırda Hive, Buhara ve Hokand hanlıklarının idaresi altında bulunuyordu. 1917 Sovyet Devrimi ardından, bölgede Özbeklerin ve diğer Müslümanların hemen hiç söz sahibi olmadığı bir geçici hükümet kuruldu. Aralık 1917 de Hokand da bir milli kongre toplayan Müslümanların Mustafa Çokayev başkanlığında kurdukları hükumet 1918 de gönderilen Rus askerleri tarafından devrildi.

Darbeden sonra yeni yönetime karşı Basmacı ayaklanması olarak bilinen bir direniş hareketi başladı. Harezm ve Buhara Sovyet Halk Cumhuriyetlerinin kurulması Basmacı Ayaklanmasının yayılmasına sebep oldu. Türkistan Komisyonunun 1922 de başlattığı reformlar neticesinde ayaklanma etkisini kaybetti.

1924 te Orta Asya ve Kazakistan da sınırları etnik temellerde tekrar belirleyen düzenleme ile Harezm, Buhara ve Türkistan cumhuriyetleri dağıtılarak bölge toprakları Özbekistan, Tacikistan, Kırgızistan, Türkmenistan ve Kazakistan arasında paylaştırıldı. Sovyetler Birliğinde 1989 da başlayan yenileşme hareketleri neticesinde, Özbekistan 1991 Ağustosunda bağımsızlığını ilan etti. Daha sonra kurulan Bağımsız Devletler Topluluğuna bağlandı.​