Bugünkü Nijerya topraklarında ilk yaşayanların, milattan 700 yıl öncesine rastladığı tahmin edilmekte, fakat bunların kimler olduğu hakkında kesin bir hükme varılamamaktadır. Nijerya nın tarihini, Arapça yazılmış kayıtlara dayalı olarak, kuzey bölgelerde 9. yüzyıl başlarında kurulmuş, Konem-Boru ve batı bölgelerde de yedi Hausa şehir devletleriyle başlatmak mümkündür.

On ikinci yüzyıldan itibaren kurulmaya başlanmış Yoruba veIfe krallıkları, 14. yüzyıldan itibaren kıtayı aydınlatmaya başlayan İslam ışıklarıyla eriyip gitmişlerdir. İslamiyetin yayılmasıyla, mevcut şehir devletleri ve birçok kabile Müslümanlıkla şereflenmişlerdir. Buna göre Kuzey Nijerya tamamen İslamlaşmış ve geri kalan bölgeler de İslamiyetin nüfuzu altına girmişti.

Nijerya ya ilk olarak 15. yüzyılda Avrupa sömürgeciliğini ve zulmünü getirenler, Portekiz ve İngiliz esir tüccarı denizciler olmuştur. Bir yanda doğudan parlayan İslam güneşi köleliği önleyici, eritici ışıklarıyla Afrikalılara hayat getirirken, diğer yanda bozulmuş dinlerinin taassubu ve maddi hırslarla dolmuş Avrupalılar, Nijerya nın zenci insanlarını esir yapıyor ve satıyordu. Böylece, Avrupalıların işgalleriyle Atlantik esir ticareti başlamıştı. 350 yıl kadar süren bu vahşet, 20.000.000 Nijeryalı nın esir olarak satılmasıyla Avrupa tarihinde kara bir leke olarak kalmıştır.

İngiltere, 19. yüzyıl başlarından itibaren, Nijerya içişlerine karışmaya başladı. İlk olarak Lagos, 1861 yılında bir İngiliz kolonisi haline geldi. 1885 te Gine Körfezi civarı, İngiltere nin himayesine girdi. Bundan sonra İngiltere, Nijerya yı iki himaye bölgesine ayırdı. İkisini birden bir vali yönetiminde tuttu. Birinci Dünya Savaşından sonra başlayan milliyetçilik hareketleri, Nijeryalılar arasında yabancılara karşı isyan etme ve bağımsızlığı elde etme düşüncesini getirdi.

1950 yılında, idare gücünü, merkezi otoriteyle üç ayrı bölgenin meclisleri arasında paylaştıran yeni bir federal sistem getirildi. 1954 yılında ilan edilen anayasa, kuzey, batı ve doğu bölgeleri güçlü bir merkezi hükümete bağlı olarak, Nijeryalılara sahip oldukları kanuni hakları verdi.

İngiltere, iş başına kendi çıkarlarını koruyacak bir hükümeti getirmeyi planlıyordu. Ülkede üç büyük parti kuruldu ve 1959 yılında seçimler yapıldı. Bu seçimlerde kuzey bölgenin Nijerya Halkları Kongresi (NPC) kazandı ve parti lideri Ebubekir Tafawa Balewa başbakan oldu. Müslümanların çoğunlukta olduğu kuzey bölge iktidara gelince, ilk iş olarak 1960 yılında bağımsızlığı elde etti.

Nijerya bundan sonra 1963 yılında Cumhuriyeti ilan etti ve akabinde 1965 yılında yeni seçimler yapıldı. Fakat bundan sonra Nijerya da iç karışıklıklar başladı. 30 Mayıs 1967 de Doğu Bölgesi Biafra Cumhuriyeti adıyla isyan ettiyse de, Nijerya hükümeti dış güçlerin yardımıyla bu isyanı bastırdı. Fakat bu iç harp 30 aydan fazla sürdü ve 20. yüzyılın en kanlı ve korkunç çatışmalarından biri oldu. Biafra bölgesi binlerce ölü ve birçok harap olmuş binayla doldu.

1970 yılından sonra olay yatıştı ve bu arada bulunan petrol yatakları Nijerya nın hayatını değiştirdi. 29 Haziran 1975 te General Muhammed yeni bir askeri darbeyle iş başına geldi. Çok geçmeden 1976 da yapılan üçüncü ihtilal teşebbüsü başarısızlıkla bitti. Fakat, General Muhammed öldürüldü ve yerine, yardımcısı General Olesegun Obasanjo geçti. General İbrahim Babangida devlet başkanı olup, askeri bir rejim kuruldu.

Bundan sonra NijeryaFederal Hükümeti, petrol gelirlerinin getirdiği refah düzeyi ile iç olayları önlemeye başladı ve bugün için Nijerya Afrika nın en gelişmiş ülkelerinden biri haline geldi. 4 Temmuz 1992 de seçimlerle tekrar demokratik düzene geçilmeye ilk adım atıldı. Sivil yönetime geçiş tarihi olarak çeşitli zamanlar belirlendi ise de en son olarak 27 Ağustos 1993 e ertelendi.​