Moğolistan´da yaşayan Proto-Moğolları ve Tunguzları; Türklerin kurduğu büyük Hun İmparatorluğu birleştirdi. Miladdan önce 3. yüzyıldan itibaren bölge Türklerin hakimiyetine geçti. On üçüncü yüzyılın başına kadar; Büyük Hun İmparatorluğu, Göktürk, Uygur, Karakutay devletleri hakim oldu. Cengiz Hanın birleştirip teşkilatlandırdığı kabilelerle, 1205´te Moğolistan´da ilk Moğol Devleti kuruldu.

Cengiz Han, 1227´de ölünce Moğol İmparatorluğu oğulları arasında bölüşüldü. Moğolistan´a Ögedey ve Toluy´un neslinden hanlar, 1634 yılına kadar hakim oldu. 1634´te Mançu Hanedanının hakimiyetine geçti. On yedinci yüzyılda Çarlık Rusyası, bölgeyi kontrolüne almak için teşebbüslere başladı. On sekizinci yüzyılda Moğolistan´da Rus ve Çin yanlılarının mücadelesi başladı.

Moğol prenseslerinin Çinliler gibi yaşaması Moğolistan´da milliyetçilik akımının başlamasına sebep oldu. Katolik misyonerlerinin faaliyetleriyle Moğolistan´da Hıristiyanlaşma başladı. Misyonerler Uzak Doğu´da dayanak noktası elde etmek ümidiyle Moğolistan´ın istiklalini müdafaa ettiler. İstiklal fikri yayıldı. Yirminci yüzyılda.

1912´de Çin´de Mançu hanedanının yıkılmasıyla Moğol prensleri Rusların da yardımıyla Moğolistan´ın istiklalini ilan ettiler. Çinlilerle mücadeleye girişen Moğolistanlılar, 1915´te Çin´e de istiklallerini tanıttılar. Çin-Japon savaşında Moğolistan´da yeraltı faaliyetiyle komünist hareket başlatıldı. Japonya´nın Kuzey Çin´e girmesiyle 1935-1937´de Moğolistan da işgale uğrayarak, mahalli muhtar bölgeler kuruldu.

1945´te İkinci Dünya Savaşınin bitmesiyle ülkedeki istiklal yanlısı teşkilatlar faaliyetlerini komünizm paralelinde devam ettirdiler. Komünizme karşı mücadele eden teşkilatların zayıflatılmasıyla İç Moğolistan, Çin´in hakimiyetinde muhtar hale getirildi. İkinci Dünya Savaşından sonra dış Moğolistan´da, ABD ve İngiltere´nin tavsiyesiyle, Moğolistan Halk Cumhuriyeti kuruldu.

20 Ekim 1945´te referandumla istiklalini ilan eden Moğolistan, önce Milliyetçi Çin tarafından tanındı. 1946´da Moğolistan Halk Cumhuriyeti ile Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği aralarında ittifak imzalandı. 1961´de Birleşmiş Milletler Teşkilatına kabul edildi.

Sovyetler Birliğindeki ve Doğu Avrupa´daki komünist yönetimlerinin çöküşü komünizmle idare edilen Moğolistan´ı da etkiledi. 1990´da çok partili sisteme geçilerek; ekonomik, sosyal ve siyasal reformlar yapıldı. Temmuz 1990 ilk çok partili seçimler yapıldı. Moğolistan´da bulunan Rus birlikleri yapılan anlaşma sonucu geri çekildi.​