II. İzzettin Keykâvusun torunudur. Sultan II. Mesutun bir ayaklanmaya katıldığı gerekçesiyle görevinden uzaklaştırılması üzerine Gazan Han onun yerine yeğeni III. Alaattin (Alaeddin) Keykubatı Anadolu Selçuklu tahtına çıkardı (1298). Gazan Han daha sonraki yıllarda olan ayaklanmalara katılmayan ve kendisine bağlılığını sürdüren III. Alaattin Keykubatı Moğol hanedanından bir prensesle evlendirdi. Ayrıca Erzurumdan Antalyaya, Sinop tan Diyarbakıra kadar bütün Selçuklu topraklarının egemenliğini ona bağışladığını bildirdi. Fakat Anadoludaki Moğol baskısı giderek arttı. Tebrizden gönderilen memurlar, devlet hazinesini ve halkı soyuyorlardı. Bir süre sonra Selçuklu sultanı ve devlet adamları da aynı yola başvurup halka zulme varan davranışlarda bulununca, durum adaletiyle tanınan ve Anadoludaki Moğol askerlerinin komutanı olan Abışga Noyana bildirildi o da bu yakınmaları Gazan Hana iletti. Bunun üzerine Gazan Han, Alaattin Keykubatın bütün yetkilerini geri aldı ve Abışga Noyan ın izni olmadan hiçbir iş yapmamasını buyurdu. Abışga, Sivasta bulunan sultana haber gönderip yanına Yabanlu yu getirtti. Daha sonra Gazan Hanın yanma gönderilen III. Alaattin Keykubat yargılanıp idama mahkûm edildiyse de Moğol prensesi olan karısının yardımıyla ölümden kurtuldu ve İsfahanda oturmasına karar verildi (1301).
Sultan, ölümüne kadar burada yaşadı. Büyük Selçuklu sultanlarının İsfahan daki türbesine gömüldü.