Hz. Ali 656-661 yılları arasında halifelik yapmıştır. Bu dönemde 656 yılında Cemel (deve) olayı meydana gelmiştir. Hz. Ayşe, Hz. Talha ve Hz. Zübeyir gibi önde gelen sahabelerin Hz. Ali'nin halifeliğini tanımamaları üzerine başlayan bu mücadeleyi Hz. Ali kazanmıştır. İki ordu arasındaki savaş Hz. Hatice'nin devesinin etrafında yapıldığı için bu olaya Cemel olayı adı verilmiştir. Bu vaka İslam tarihinde Müslümanlar arasındaki ilk savaştır. Bu olaydan sonra Hz. Ali devletin merkezini Küfe'ye taşımıştır.
657 yılında Hz. Osman'ın öldürülmesinde Hz. Ali'yi sorumlu tutan Muaviye ile Hz. Ali arasında Sıffın savaşı meydana gelmiştir. Muaviye'nin Hz. Ali'nin halifeliğini tanımaması üzerine başlayan Sıffın savaşı sonunda iki tarafta sorunu çözmek için birer hakem belirlemişlerdir. Hakemlerin aldıkları kararlara iki tarafında uygulayacağına dair söz verilmesine rağmen işler daha da karmaşık bir hal almıştır.
Hz. Ali'nin ordusundaki bazı gruplar Hz. Ali'nin politikasını beğenmeyince ordudan ayrılarak Hariciler adı verilen grubu oluşturmuşlardır. Hz. Ali tarafındaki Şiiler, Muaviye tarafındaki Emeviler, ayrılığı savunan Hariciler arasında meydana gelen Hakem olayı sonucunda İslam tarihinde iç karışıklıklar meydana gelmeye başlamıştır. 659 yılında Nehrevan savaşı ile Hz. Ali ilk ayrılıkçı akım olan Haricileri yenmiştir. Hz. Ali Haricilerin düzenledikleri suikast sonucunda şehit olmuştur.
657 yılında Hz. Osman'ın öldürülmesinde Hz. Ali'yi sorumlu tutan Muaviye ile Hz. Ali arasında Sıffın savaşı meydana gelmiştir. Muaviye'nin Hz. Ali'nin halifeliğini tanımaması üzerine başlayan Sıffın savaşı sonunda iki tarafta sorunu çözmek için birer hakem belirlemişlerdir. Hakemlerin aldıkları kararlara iki tarafında uygulayacağına dair söz verilmesine rağmen işler daha da karmaşık bir hal almıştır.
Hz. Ali'nin ordusundaki bazı gruplar Hz. Ali'nin politikasını beğenmeyince ordudan ayrılarak Hariciler adı verilen grubu oluşturmuşlardır. Hz. Ali tarafındaki Şiiler, Muaviye tarafındaki Emeviler, ayrılığı savunan Hariciler arasında meydana gelen Hakem olayı sonucunda İslam tarihinde iç karışıklıklar meydana gelmeye başlamıştır. 659 yılında Nehrevan savaşı ile Hz. Ali ilk ayrılıkçı akım olan Haricileri yenmiştir. Hz. Ali Haricilerin düzenledikleri suikast sonucunda şehit olmuştur.