Simyagerlerin en çok bilinen iki hedefi madenlerin altına dönüştürülmesi ve bütün hastalıkları iyileştirecek ve hayatı sonsuz biçimde uzatacak "pancea" (ölümsüzlük iksiri) yaratılmasıdır. Ortaçağ'dan itibaren Avrupalı simyagerler hem madenleri altına çevirecek hem de ölümsüzlük iksiri yaratılmasında kullanılacak efsanevi bir madde olan "felsefe taşı"nın (philosopher's stone) bulunması için büyük çaba sarfettiler. Simyagerler, yüzyıllar boyunca büyük saygınlık gördüler ve destek aldılar. Bu saygınlık ve desteğin nedeni ne hedefleri (altın ve pancea) ne de yazınlarına hakim olan mistik ve felsefi görüşlerdi. Saygınlık ve desteğin nedeni zamanlarının kimya endüstrisine yaptıkları katkılardı. Bu katkılar arasında barutun keşfi, madenlerin test ve rafine edilmesi, metaller üzerindeki çalışmalar, mürekkep, kozmetik, boya üretimi, deri boyanması, seramik ve cam üretimi, likör ve esans üretimi vb. sayılabilir. (Avrupalı simyagerler arasında "aqua vitae" (hayat suyu,ab-ı hayat) üretiminin de popüler bir deney olduğu düşünülmektedir.)


Diğer taraftan, simyacılar hiçbir zaman sanatlarının fiziksel (kimyasal) boyutlarını metafizik yorumlamalardan ayırma eğilimi göstermediler. Hatta, antikiteden Modern Çağa uzanan dönemde "metafizikten yoksun fizik", "fiziksel tezahürden yoksun metafizik" gibi tatmin edici kabul edilmeyecektir. Kimyevi konseptler ve süreçler için ortak terminoloji eksikliği ve de gizliliğe duyulan ihtiyaç simyacıları hıristiyan ve pagan mitolojisi, astroloji, kabala ile diğer mistik ve izoterik alanlarda kullanılan terim ve sembolleri kullanmaya itmiştir. Bu nedenle en basit kimyasal tarif bile çapraşık büyülü sözler gibi gözükmüştür. Ayrıca, simyacılar düzensiz deneysel verileri bu mistik ve ezoterik alanları kullanarak teorik bir çerçeveye oturtmaya çalışmışlardır.
Ortaçağ'dan itibaren bazı simyacılar, giderek, bu metafizik boyutları simyanın gerçek temelleri olarak ve kimyasal maddeler, fiziki haller ve materyal süreçleri ise sipiritüel varlık, durum ve tranformasyonların tek metaforu olarak kabul etmeye başladılar. Ayrıca, hem adi metallerin altına çevrilmesi hem de pancea mükemmel olmayan, hastalıklı, ahlaksız ve kısa ömürlülükten mükemmel, sağlıklı, ahlaklı ve ölümüzlüğe doğru bir evrimi sembolize eder ve bu noktada felsefe taşı ise bu evrimi mümkün kılan mistik bir anahtardır. Simyacının kendisine uygulandığında bu çifte amaç, onun cehaletten aydınlanmaya doğru evriminini sembolize eder; simyager açısından bu noktada felsefe taşı, bu evrimin gerçekleşmesini sağlayacak bazı gizli sipiritüel gerçekleri ve güçleri ortaya çıkarmak için bir araçtır. Bu görüşe uygun olarak yazılan metinlerde, kriptolu simya sembolleri, şemaları ve metne ait imgeler çok anlamlı, alegorilerle dolu ve kriptolu başka çalışmalara göndermeler yapacak biçimde kullanılmıştır ve bunların gerçek anlamlarının anlaşılması amacıyla "deşifre" edilmeleri gerekmektedir.


Bazı insancıl (hümanist) bilginler, ruhani ve tabiat üstü alegorileri(metafizik yorumların şekillerle ifadesi)simyanın en doğru ve değerli açısı (ifadesi, görünüşü) olarak görürler ve kimyanın simya'nın bir uzantısı olarak gelişmesi, orjinal Hermetic geleneğinin bir bozulmuşu (yozlaşmışı)olduğunu iddia etmektedir. Bu spiritüel simya'nın çağdaş uygulayıcıları tarafından kabul görmüş bir görüştür. Çoğu bilimadamı, diğer bir yandan, tend to take quite the opposite view: to them, the path from the material side of alchemy to modern chemistry was the "straight road" in the evolution of the discipline, while the metaphysically oriented brand of alchemy was a "wrong turn" that led to nowhere. In either view, however, the naïve interpretations of some practitioners or the fraudulent hopes fostered by others should not diminish the contribution of the more sincere alchemists.