Balinaların karaya vurmasının farklı sebepleri olabilir. Araştırmacılar dünya genelinde gerçekleşen bu tip olayların ancak yarısının sebebi hakkında bilgi sahibi olabildiklerini söylüyor. Balinalar tek başlarına ya da sürü halinde karaya vurabiliyor.

Gemi çarpması, köpek balığı gibi yırtıcı hayvanların saldırısı, hastalık ya da yaşlanma nedeniyle güçsüzleşen balinalar karaya vurabiliyor. Balinaların tek başlarına karaya vurmasının temel sebebinin bu etkiler olduğu düşünülüyor.

Belli bir bölgede alglerin aşırı miktarda çoğalması sonucu açığa çıkan zararlı maddeler, balinalar ve başka deniz canlıları için zararlı etkilere sahip olabiliyor. Deniz suyunun renginde meydana getirdiği değişim nedeniyle kırmızı gelgit olarak da isimlendirilen alglerin aşırı çoğalmasının ve sudaki başka zehirli maddelerin balinaların karaya vurmasında etkili olabileceği düşünülüyor.

Bazı bilim insanları balinaların -beyinlerindeki manyetik özelliğe sahip kristaller sayesinde- Dünya’nın manyetik alanını yönlerini bulmak için kullandığını düşünüyor. Dolayısıyla Dünya’nın manyetik alanındaki değişimler balinaların yönlerini kaybedip karaya vurmasına sebep olabilir.

Balinalar ses dalgalarını iletişim, yön belirleme, yiyecek bulma ve avcılardan korunma gibi amaçlarla kullanıyor. Belirli bir frekans aralığında ses dalgaları yayan sualtı radarlarının yani sonarların, balinaların doğal yaşam alanlarından uzaklaşmasına ve karaya vurmalarına sebep olduğu düşünülüyor. Özellikle askeri amaçla kullanılan sonarlar bu frekans aralığında ses dalgaları yayıyor. Araştırmalar balinaların toplu olarak karaya vurduğu durumların sonarlarla ilişkili olabileceğini gösteriyor.​