Hıristiyanlığın Batı Roma İmparatorluğu tarafından resmi bir din olarak kabul edildiği IV. yüzyıl başlarından XII. yüzyıl başlarına kadar geçen süre Avrupa'nın büyük kavimler göçüyle gelen halkların sürekli yer değiştirmeleriyle Hun istilası Avrupa'nın Büyük Şarl tarafından birleştirilme girişimiyle daha sonraki kralların ve feodal beylerin birbirleriyle boğuşmalarıyla karmakarışık ama aynı zamanda sefalet ve felaketlerle dolu Ortaçağ olarak geçti. Bu dönem boyunca Avrupa hiçbir noktasından ışık sızmayan koyu bir karanlığa gömüldü. Kilisenin olduğu kadar lokal ve genel devletlerin de halkı Hıristiyanlaştırma çabaları beraberinde zulüm ve yıkımları da beraberinde getirdi. Üstüne üstlük salgın hastalıklar yığınlarla ölüme yol açtı. İşte böyle bir dönemde Arap dünyasından yapılan çoğu yalan yanlış çeviriler arasında yaşam ve teknolojiye ilişkin bilgiler kadar bolca safsata da vardı.
Bunların çoğu eski ve Batı'da zaten tanınan bilgilerin Arapça'ya transfer edilip saklanmış düşünce ve iddialarıydı. Ama skolastik düşünce yapısı bunların da tıpkı kilise büyüklerinin düşünceleri gibi irdelenmeden deneyin sınamasına tabi tutulmaksızın alınıp benimsenmesini gerektiriyordu. Böylece ve gene kilise dogmaları arasında bulunan "Ex oriente lux" (Işık Doğu'dan yükselir) inancının da yardımıyla bu bilgiler de dogma niteliği kazanmıştır.
Bunun sonucunda Venedik-Paris elyazmasındaki bilgiler 1150 yıllarında İspanya'da Cremonalı Gerard tarafından çevrilen Razi'nin yazıtları yanında çok sönük kalmıştı. Bu arada Haçlı Seferleri'nin getirdikleriyle zenginleşen simya Arapça adıyla "El Hemi" yani Alşemi olarak çok büyük bir saygınlık kazanıverdi. Simya Avrupa'da esrarengiz ününü XV. yüzyılda geçen bir olaydan sonra kazanmış ve daha önceki madenlerin soylulaştırılması esasına dayanan felsefe de yerini gizemli simya felsefesine bırakmıştır. XV. yüzyılda Paris'te bir noter olan ve bir gece rüyasında gizemli bir kitap gören hemen ardından kitabı bulan ve bunu İbranice bilen bir bilge yardımıyla çözen Nicolas Flamel (1330-1418) simyaya gizemli ve esrarengiz havayı veren kişi olarak bilinir. Onun gördüğü kitap ve onu izleyen daha birkaç metinle eski İbrani mistik felsefesi olan Kabala bütün kavram ve yöntemleriyle simya alanına girivermiş ve bundan sonrasını derinden etkilemiştir. Flamel 1382'de birdenbire büyük eseri yani altın üretmeyi başardığını ilan etti ve bunun kanıtı olarak kiliselere muazzam bağışlar yapmaya başladı. Bu kadar iyi kanıt veren alşimist sayısı azdır. Bunlar arasında Salmoon Trismosin de sayılmalıdır. Bu şahıs 1598'de "Splendor Solis" (Güneşin İhtişamı) isimli bir eser yazdı. Alşimi ustalarına yoğun ziyaretler yapmış ve "Mısır dilinde yazılmış kabalistik ve majik kitaplar sayesinde" başarılı olmuştur.