MySQL her iki tür işlemi de desteklediği için kullanıcı, uygulamasında atomik işlemlerin hızına mı transaction özelliklerine mi ihtiyacı olduğuna karar verebilir. Seçimler tablo bazında yapılabilir.


Transaction'lı tablo ile atomik işlemle çalışan tablo arasındaki en büyük fark performans konusunda oluşur. Transactionlı tablolar çalışırken daha fazla bellek, daha fazla disk alanı ve daha fazla işlemci gücü harcar.


Eğer uygulamalarınız kritik durumlarda COMMIT yapmaya değil de, ROLLBACK yapmaya göre yazıldıysa transaction kullanmak daha elverişli olabilir.


Çoğunlukla kritik transactionla çalışan güncellemeler, atomik olarak çalışacak şekilde tekrar yazılabilir. Transactionların çözdüğü tüm bütünlük problemleri LOCK TABLES, INSERT DELAYED ve benzeri yöntemlerle çözülebilir.​