Kentin ilk-çağ yapılarına ilişkin bilgiler, Amasyalı Strabon’un yapıtlarında bulunur. Yazar, Pontos devletinin merkezi olan kentte bir saray, kale, mezarlar, basamaklı kaya tünelleri, köprüler bulunduğunu bildirir. Kentin kuzeyinde, bir kaya üzerinde yükselen kale, Pontos, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlılar zamanında onarılarak kullanılmıştır. Harşane kalesi diye de bilinen yapının ve Yeşilırmak’a inen surların kimi bölümleri sağlamdır. Enderun kalesi de denilen iç kaledeki büyük saraydan yalnızca teras ve destek duvarları kalmıştır. Kale eteklerindeki, Pontos krallarına ait 12 mezar oldukça yıkıktır (MÖ. III. yy.). Çevrede ayrıca 17 mezar daha vardır. Kapısı yazıtlı Aynalı mağara XI. yy.’da keşişler tarafından kullanılmıştır. Basamaklı kaya tünellerinin MÖ. III-II yy.’larda savunma amacıyla yapıldığı sanılmaktadır. Batıdan doğuya doğru Meydan köprüsü, Maydanoz köprüsü, Alçak köprü, Hükümet köprüsü, Kuş (Kunç) köprüsü, Yeşilırmak’ın kıyılarını birbirine bağlar. Alçak köprünün Strabon’un sözünü ettiği yapı olduğu sanılır; öteki köprüler Selçuklu ve Osmanlı yapılarıdır.​

Kentte Türk döneminden pek çok yapı bulunmaktadır. Bunların ilk örnekleri arasında Danişmentliler’den Fethi Gazi’nin kiliseden camiye dönüştürttüğü Fethiye camisi (1116) ve Halifetgazi türbesi (1145 - 1146) sayılabilir. Anadolu Selçuklu yapılarından olan Burmalı Minare camisi Gıyasettin Keyhüsrev zamanında, Selçuklu emiri Necmettin Ferruh tarafından yaptırıldı (1237-1247). Yapı Mahkeme camisi diye de tanınır. Amasya valisi emir Seyfettin Turumtay’ın Ebu Müslim Neccar’a yaptırdığı Gökmedrese camisi (1266-1267), cami ve medrese işlevlerinin birleştiği bir yapıdır. Taçkapısı ve taş işçiliği yanında, çinileri, yalın ve dengeli tasarımıyla Selçuklu medreselerinin önemli örneklerindendir. Yapının K - D’sundaki türbe ile, taçkapı karşısındaki Turumtay türbesi (1278), Selçuklu mimarlığı ve süslemeciliğini yansıtan önemli yapılardır.
Amasya darüşşifası ve Tacettin Mahmut Çelebi’nin yaptırdığı Gümüşlü cami (1326) İlhanlı dönemi anıtlarıdır.
Osmanlı tarihi açısından önemli merkezlerden biri olan Amasya’da, sultanlar, anneleri, vezirler tarafından yaptırılmış yapılar vardır. Bunların en erken tarihlisi olan Bayezitpaşa camisi’ni (1414), vezir Bayezit Paşa mimar Doğan ve Yakup’a yaptırmıştır. Erken Osmanlı camileri benzeri, ters T planında, kesme taştan bir yapıdır. Vezir Yörgüç Paşa’nın yaptırdığı Yörgüçpaşa camisi (1428), cami ve medrese bölümlerinden oluşur. Dönemin en önemli yapısıysa, Bursa üslubuyla, klasik üslup arasındaki Bayezit külliyesi’dir. Bayezit II, kente armağan olarak mimar Şemsettin Ahmet’e yaptırmıştır (1482 - 1486). 1591 ve 1669’da onarılan yapı, Amasya camilerinde çokça görülen ters T planındadır. Caminin batısındaki U planlı medresesi bugün İl halk kitaplığı’ dır. Kapıağası medresesi (1488), sekizgen planıyla, bu yapı türünün tek örneğidir. Abdülmümin bin Hüseyin’in yaptırdığı medresede kubbeli revaklar ardında kubbeli odalar; sekizgenin bir kenarında da büyük medrese odası bulunur. Hızırpaşa camisi özgün biçimiyle günümüze ulaşan, ahşap tavanlı, zaviyeli camilerdendir (XV. yy.). Mehmetpaşa camisi (1486), Hatuniye camisi (1510), Abidehatun camisi (XVII. yy.), Şehzadeler türbesi (1410), Şadgeldipaşa türbesi (XIV. yy.), Şehzade Osman türbesi (1513), Bedesten (1483), Mustafabey hamamı (1436) dönemin anılabilecek örnekleridir.
Amasya, Yeşilırmak boyunca uzanan, cumbalı, kırma çatılı, geniş saçaklı, ahşap bezemeli evleriyle, türk sivil mimarlık örnekleri açısından da önemli merkezlerdendir.​